Som vid alla former av operationer har hårtransplantationer också vissa risker, inklusive blödning och infektion. Det finns också en risk för ärrbildning och onaturlig ny hårväxt.
Smärta
Smärta är vanligtvis sällsynt och ganska minimal.
Domningar
Vissa övergående domningar är oundvikliga, vanligtvis i området man har tagit hår ifrån. Dessa varar oftast från 3 till 18 veckor.
Hicka
Hicka kan inträffa efter operationen. Orsaken är inte känd. Förekomsten av denna komplikation är ca 5%. Det varar oftast flera timmar till flera dagar.
Klåda
Viss klåda förekommer vanligen och kan vara någorlunda besvärliga. Klådan varar oftast bara i några dagar. Rätt schampo kan hjälpa obehaget.
Svullnad
Svullnad runt huvudet förekommer sällan. Svullnaden påverkar oftast pannan och området runt ögonen. I ungefär 1% av fallen kan en blåtira utvecklas.
Infektion
Detta händer sällan och behandlas då med antibiotika.
Ärrbildning
Keloidärrning (grövre typ av ärr) förekommer sällan. Denna form av ärr kan orsaka en ryggvärk.
Cystor
En eller flera cystor kan förekomma i området där hår tagits ifrån, när många transplantat har införts. De försvinner vanligtvis av sig själv efter några veckor. De är vanligtvis inte mer än 2 eller 3 mm i diameter.